Knjižnica Muzeja pripada kategoriji specijalnih biblioteka, što znači da je namijenjena stručnom muzejskom osoblju. No bez obzira na kategorizaciju, u Knjižnicu dolaze i vanjski korisnici: studenti, đaci i ostalo građanstvo, kojima se daje na uvid građa koja ih interesira.
Osnivanje Knjižnice vezano je uz početke djelatnosti Narodnog muzeja 1846. godine. Nakon niza selidbi i podjela muzejska je Knjižnica dobila svoje prostore 1959. godine na današnjoj lokaciji u zgradi u Matoševoj 9, u sklopu Hrvatskog povijesnog muzeja.
Fundus Knjižnice popunjavao se na početku - jednako kao i muzejske zbirke - darovima i otkupima (1846.g. Nikola Kos daruje Narodnom muzeju 80 knjiga, 1850.g. Dane Stanisavljević poklanja Muzeju 14 knjiga, a 1854.g. dr. Dragutin Rakovac ostavlja na dar Muzeju svoju bogatu knjižnicu). Tako 1854. godine Knjižnica Narodnog muzeja broji već više od 10.000 svezaka.
Knjižnica Hrvatskog povijesnog muzeja sadržava danas 20.000 obrađenih naslova. To su uglavnom knjige vezane uz hrvatsku povijest, povijest umjetnosti, arhitekturu, arheologiju, te časopisi, zbornici, godišnjaci, kalendari, rječnici, enciklopedije i katalozi izložbi i postava muzeja i ustanova s kojima Knjižnica ima dugo
godišnju razmjenu publikacija. U Knjižnici Muzeja nalaze se i nekoliko (4) inkunabula i rukopisa, te knjige tiskane u tiskarama Europe i Hrvatske od 17. stoljeća nadalje. Muzejska se knjižnica popunjava manjim dijelom kupnjom knjiga, a najvećim dijelom zamjenom i darom. Godišnje se fond Knjižnice povećava s otprilike 300 naslova, tako da je sadašnji prostor postao pretijesan. Fond Knjižnice obrađuje se prema UDK-sistemu i postoje predmetne i abecedne kartotečne kartice.
